Windows Update(MS13-088)により、サードパーティcookieの宣言をしていないcookieについては、
IE側が受け入れないようセキュリティが強化(?)されたようです。
サードパーティcookieについては、このあたりの記事を
http://ascii.jp/elem/000/000/654/654929/
p3pの定義をしていないWebサーバ上にcookieを発行しようとするとデフォルトで遮断されるようです。
回避策は、apache の httpd.confに
Header Set P3P 'CP="NON UNI CUR OUR"'
と記述し、再度、set-cookieを行うことでOKです。
設定前に発行したcookieを読み込むことはできません。